Esta psicoterapia surge de una serie de observaciones empíricas directas. En el año 1987 la Dra. Francine Shapiro observó durante un paseo cómo se movían sus ojos de un modo particular cuando estaba pensando en una serie de asuntos preocupantes. A raíz de esta observación empezó a estudiar el efecto de los movimientos oculares espontáneos en el cerebro y desarrolló el modelo que supone la base actual del EMDR.

Actualmente conocido como protocolo EMDR para el tratamiento del trastorno de estrés postraumático (TEPT). En 1990 se incorporan otras formas de estimulación bilateral (auditiva/táctil) para poder aplicar esta técnica con pacientes con problemas oculares. Desde sus aplicaciones iniciales el EMDR ha experimentado una expansión espectacular con adecuaciones específicas para el tratamiento de otros problemas emocionales más allá de TEPT pero sin olvidar que es en este trastorno donde se tienen más evidencias empíricas; como ejemplo cabe mencionar que después del suceso del 11 de septiembre del 2001 y otros ataques terroristas fue éste el tratamiento de elección por la American Psychological Association (APA) para el estrés postraumático, recomendado también por la OMS (Organización Mundial de la Salud).

A tal efecto, EMDR es actualmente un modelo psicoterapéutico que permite su acceso tanto a los sucesos vitales perturbadores traumáticos como a los disparadores actuales y las experiencias futuras proyectadas para reprocesarlas con una resolución adaptativa, siendo el recuerdo el elemento central de la terapia. Se trabaja con todos los aspectos de la experiencia traumática que incluye imaginación, creencias, sensaciones corporales empleando también la estimulación dual de la atención a través de los movimientos oculares o de la estimulación bilateral táctil o auditiva. Esta terapia está guiada por el modelo de procesamiento adaptativo de la información (PAI). El protocolo del tratamiento completo implica objetivos de eventos pasados, presentes y futuros y se estructura en 8 fases.